Mục tiêu của chương trình là khai tác tiềm năng, lợi thế của các địa phương trong vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi; đổi mới sáng tạo; đẩy mạnh phát triển kinh tế, đảm bảo an sinh, xã hội; giảm nghèo nhanh, bền vững, thu hẹo dần khoảng cách về mức sống, thu nhập bình quân của vùng so với bình quân chung của cả nước; giảm dần số xã, thôn đặc biệt khóa khăn; quy hoạch, sắp xếp, bổ trí ôn định dân cư, xây dựng hệ thống kết cấu hạ tầng kinh tế……..